Joruri CMS 2017ではPHPは使用していないため標準としてのサポートは行っておりませんが、サーバーにPHPをインストールして使用すること自体は可能です。

site_0001.confの中で別のconfをインクルードする設定となっております。
そのため、site_0001_php.confなどを作成していただき、そちらに設定を記述してください。

/joruri/config/nginx/servers/site_0001.conf
include /var/www/joruri/config/nginx/servers/site_0001.d/*.conf;
include /var/www/joruri/config/nginx/servers/site.d/*.conf;
include /var/www/joruri/config/nginx/rewrite.conf;
include /var/www/joruri/config/nginx/servers_common.conf;

サイトドメイン設定でURLをhttpsにしている場合は、ssl_site_0001.confが
自動的に作成されますので、同様にインクルード用のファイルを作成して記述してください。